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DNA 凝胶电泳

Materials Required

TBE Powder (1 L of 1×) (HY-K1016)
SYBR Green I Nucleic Acid Gel Stain (HY-K1004)
6× DNA Loading Buffer with SDS (HY-K1032)
Acrylamide : Bisacrylamide (29:1) (30% w/v)
Ammonium persulfate (10% w/v)
TEMED

电泳设备

立式电泳槽,玻璃板,制胶架,移液器,凝胶成像仪

原理

凝胶电泳是一种分离生物大分子 (如核酸或蛋白质) 的方法,它迫使它们在电场下通过凝胶基质。由于与氨基酸侧链相关的电荷不同,PAGE 可用于根据净电荷和大小来分离完整的蛋白质。带电荷的物质在电场中的趋向运动称为电泳。核酸电泳通常在琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶中进行,浓度不同的琼脂糖和聚丙烯酰胺可形成分子筛网孔大小不同的凝胶,可用于分离不同分子量的核酸片段。

MCE 尚未独立证实这些方法的准确性。 它们仅供参考。

实验步骤

1. 彻底清洁玻璃板和垫片。握住玻板的边缘或戴上手套,以免手上的油沉积在玻板的工作表面。用去离子水和乙醇冲洗玻板,放在一边晾干。

2. 将玻璃板与垫片组装在制胶架中。

3. 根据下表,用所需的聚丙烯酰胺百分比制备凝胶溶液,其中给出了制造 12 ml 所需的每种成分的量:


选择聚丙烯酰浓度
Acrylamide Concentration(%) 4.0 6.0 8.0 12.0 16.0 20.0
Optimal DNA Resolution (bp) 500-1000 80-500 60-400 40-200 25-150 6-100

用于浇聚丙烯酰胺凝胶的试剂体积

Gel % 30% Acrylamide (mL) H2O (mL) 5x TBE (mL) 10% APS (μL) TEMED (μL)
4% 1.6 8 2.4 200 10
6% 2.4 7.2 2.4 200 10
8% 3.2 6.4 2.4 200 10
12% 4.8 4.8 2.4 200 10
16% 6.4 3.2 2.4 200 10
20% 8 1.6 2.4 200 10

4. 加入 TEMED 后快速工作,在丙烯酰胺聚合之前用 5 ml 移液器将丙烯酰胺溶液加入玻板间。

5. 立即将合适的梳子插入凝胶中,注意不要让气泡困在梳齿下面。梳齿的顶部应该略高于玻璃的顶部。如有必要,使用剩余的丙烯酰胺凝胶溶液完全填充凝胶模具。确保没有丙烯酰胺溶液从凝胶模具中泄漏。

6. 让丙烯酰胺在室温下聚合 30-60 分钟。

7. 聚合完成后,用浸过 1 倍 TBE 的纸巾包裹梳子和凝胶顶部。然后将整个凝胶密封在保鲜膜或塑料袋中,保存在 4°C,直到需要使用。

8. 当准备好进行电泳时,从凝胶轮中取出凝胶,仔细清洁白色板背面溢出的凝胶,并将凝胶插入凝胶盒中。加入流动缓冲液,小心地将梳子从聚合凝胶中拔出。

9. 使用注射器用 1x TBE 再次冲洗孔。将 DNA 样品与 6X 上样缓冲液混合,将混合物装入孔中。

10. 将电极连接到电源组,打开电源,然后开始电泳运行。

11. 运行凝胶,直到标记染料已迁移所需的距离。关闭电源,断开引线,将电泳缓冲液从贮液池中弃去。

12. 把玻璃板拆下来。把玻璃板放在桌上。用垫片或塑料楔子将上玻璃板的一角抬起。检查凝胶是否附着在下面的板上。将上板平稳地拉开。拆下垫片。

13. 用 SYBR Green (用 TBE 按 3:10,000 或 4:10,000 的比例稀释) 染色,然后展示在凝胶成像仪上。

注意事项

1. 玻璃板必须无油点,以防止在凝胶中形成气泡。

2. 在电泳槽和凝胶中使用相同批次的电泳缓冲液是很重要的。离子强度或 pH 值的微小差异会产生缓冲前缘,从而极大地扭曲 DNA 的迁移。

3. 不要试图从加样装置中排出所有的样品,因为这几乎总是会产生气泡,将样品吹出孔外。重要的是不要花太长时间来完成凝胶的加载,否则,样品将从孔中扩散出来。

4 非变性聚丙烯酰胺凝胶通常在 1v /cm 和 8v /cm 之间运行。如果电泳在较高的电压下进行,凝胶中心的差异加热可能导致 DNA 带弯曲,甚至小 DNA 片段链融化。