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内源性代谢物的组成受蛋白质组和基因组以及环境，生活方式，药物和潜在疾病等因素的影响。因此，代谢产物被认为是疾病发生的最直接反映，因为它们在生物标本中的丰富度往往与致病机制直接相关。近年来，代谢组学方法已被采用或建议用于各种研究领域，包括药物开发、神经科学、农业、食品和营养以及环境科学。

MCE 收录了 947 个人内源性代谢物，这些代谢物全部来自于人体组织，并且具有较好的生物活性。人内源性化合物库是研究代谢组学及代谢相关药物开发的有力工具。

抗生素可以杀死或抑制细菌的生长，是一类用于治疗和预防细菌感染的抗菌产品。虽然抗生素的主要作用目标是细菌，但有些抗生素也会对真菌和原生动物产生抑制作用。然而，抗生素很少对病毒起作用。抗生素的主要作用机制包括四种：抑制细胞壁合成、抑制核酸代谢及修复、抑制蛋白质合成或破坏膜。许多抗生素靶向的细胞功能在快速增殖细胞中最为活跃。由于这些功能在原核细菌及真核哺乳动物细胞之间经常有重叠，所以一些抗生素也被发现具有很好的抗肿瘤效果。

MCE 收录了 711 种抗生素，包括青霉素类、头孢菌素类、四环素类、大环内酯类等多种类型，是开发抗菌及抗肿瘤药物的有效工具。

细胞骨架参与细胞收缩、迁移、细胞器及小泡的运动、胞质分裂、细胞内信号转导，以及其他多种对细胞内环境稳定和生存至关重要的功能。它通过三种基本结构完成这些功能：F-肌动蛋白（F-actin）、微管（microtubules）和中间丝（intermediate filaments ，IFs）。细胞骨架是一种动态结构，其中三种主要的微丝和微管在多种蛋白质的影响下，调节其长度，聚合状态和交联水平。由于细胞骨架几乎参与了所有的细胞活动，细胞骨架蛋白畸变是许多疾病发生的根本原因，包括几种心血管疾病、神经退行性疾病、癌症、肝硬化、肺纤维化和水泡性皮肤病。

MCE 收录了 1,461 种细胞骨架相关产品，主要靶向细胞骨架信号通路中主要靶点，可以用于细胞骨架信号通路及相关疾病的研究。

阿尔茨海默病 (Alzheimer’s Disease， AD) 是一种脑退行性疾病，会引起精神和身体衰退，并逐渐导致死亡。尽管阿尔茨海默病给人类健康带来严重威胁，但只有少数药物得到批准用于该病的治疗，而且这些药物的作用是控制症状，而不是改变疾病的进程。新的治疗方法的开发离不开对阿尔兹海默病机制的研究。最近的研究使人们对阿尔茨海默病 (AD) 的神经生物学有了更深入的了解，并确定了药物开发的独特靶点。通过对大量病例及临床结果的分析研究，科研人员提出了多种不同的理论假说试图阐明阿尔茨海默病的发病过程，其中广为接受并开展药物设计与研究的有如下几种：β-淀粉样蛋白假说 (Amyloid cascade hypothesis) 、Tau蛋白假说 (Tau hypothesis) 和胆碱能假说 (Cholinergic hypothesis) 等。

MCE 收录了 1,580 种具有抗阿尔兹海默病活性的化合物及靶向阿尔兹海默病主要靶点的化合物。MCE 抗阿尔兹海默病化合物是研究阿尔兹海默病发病机制及开发抗阿尔兹海默病药物的有用工具。

疼痛是一种由组织损伤刺激引起的痛苦感知。根据国际疼痛研究协会（IASP）的定义，疼痛指“与实际或潜在组织损伤相关的，或用于描述此类损伤的不愉快的感觉和情绪体验”。

疼痛通常根据其位置、持续时间、潜在原因和强度等进行分类。分类包括急性和慢性疼痛、肌肉疼痛和神经疼痛等。疼痛是大多数疾病的主要症状，严重影响患者的生活质量和机体功能。在疼痛的药物治疗中，传统上通常使用抗炎药和阿片类镇痛剂，但副作用较大。近年来，靶向ERK/MAPK通路等靶点的靶向药物逐渐成为研究热点。

MCE可以提供2,202种靶向疼痛关键靶点的化合物，是进行疼痛相关研究及抗疼痛药物开发的有用工具。

蛋白磷酸化是一种关键的翻译后修饰，参与了许多细胞进程的调控。磷酸酶和激酶共同调控细胞内蛋白磷酸化的稳态。这种可逆的蛋白磷酸化调节过程对于调控多种细胞内活动至关重要，包括细胞周期、增殖和分化、代谢、细胞与细胞间的相互作用等。

蛋白磷酸酶在结构和作用机制上已经进化成不同的家族，根据底物特异性及功能的不同，可以将磷酸酶分成两大超家族：蛋白丝氨酸/苏氨酸磷酸酶和蛋白酪氨酸磷酸酶。丝氨酸/苏氨酸磷酸酶是一种金属酶，属于两个主要基因家族：磷蛋白磷酸酶（PPP）和金属依赖蛋白磷酸酶（PPM），而蛋白酪氨酸磷酸酶(PTPs) 属于另一类酶，利用磷酸半胱氨酸酶中间体作为其催化作用的一部分。

MCE 收录了 135 种磷酸酶抑制剂，主要靶向蛋白丝氨酸/苏氨酸磷酸酶和蛋白酪氨酸磷酸酶，是磷酸酶药物开发及相关研究的有用工具。