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PHF5A - PHD finger protein 5A Gene

中文名称:PHD 指蛋白 5A

种属: Homo sapiens

同用名: INI; Rds3; SF3B7; SAP14b; SF3b14b; bK223H9.2

基因 ID: 84844 | 基因类型: protein coding

关于 PHF5A

Cytogenetic location: 22q13.2 Genomic coordinates (GRCh38): 22:41,459,717-41,468,692 (from NCBI)

This gene has 3 transcripts (splice variants) and 223 orthologues. Ubiquitous expression in bone marrow (RPKM 19.5), lymph node (RPKM 15.5) and 25 other tissues.

功能概要

该基因编码剪接因子 3b 蛋白复合物的一个亚基。剪接因子 3b 与剪接因子 3a 和一个 12S RNA 单元一起形成 U2 小核糖核蛋白复合物 (U2 snRNP) 。剪接因子 3b/3a 复合物以序列独立的方式结合内含子分支位点上游的前体 mRNA,并可能将 U2 snRNP 锚定到前体 mRNA。由该基因编码的蛋白质包含一个 PHD 指样结构域,其两侧是高度碱性的 N 和 C 末端。该蛋白属于 PHD-finger 超家族,可作为染色质相关蛋白。该基因在不同的染色体上有几个假基因。[RefSeq 提供,2008 年 7 月]

This gene encodes a subunit of the splicing factor 3b protein complex. Splicing factor 3b, together with splicing factor 3a and a 12S RNA unit, forms the U2 small nuclear ribonucleoproteins complex (U2 snRNP). The splicing factor 3b/3a complex binds pre-mRNA upstream of the intron's branch site in a sequence-independent manner and may anchor the U2 snRNP to the pre-mRNA. The protein encoded by this gene contains a PHD-finger-like domain that is flanked by highly basic N- and C-termini. This protein belongs to the PHD-finger superfamily and may act as a chromatin-associated protein. This gene has several pseudogenes on different chromosomes. [provided by RefSeq, Jul 2008]

PHF5A 基因产物(1)

mRNA Protein Name
NM_032758.4 NP_116147.1 PHD finger-like domain-containing protein 5A
基因本体论
  • 分子功能
  • 生物过程
  • 细胞组分
分子功能 GO 注释 逻辑证据 参考文献 来源
enables RNA binding IDA
IDA: 通过直接分析推断
27720643 GOA
enables protein binding IPI
IPI: 通过物理相互作用推断
17332742 GOA
enables zinc ion binding IDA
IDA: 通过直接分析推断
28541300 GOA
生物过程 GO 注释 逻辑证据 参考文献 来源
involved in mRNA splicing, via spliceosome IDA
IDA: 通过直接分析推断
12234937 GOA
细胞组分 GO 注释 逻辑证据 参考文献 来源
part of U12-type spliceosomal complex IDA
IDA: 通过直接分析推断
15146077 GOA
part of U2 snRNP IDA
IDA: 通过直接分析推断
12234937 GOA
part of U2-type precatalytic spliceosome IDA
IDA: 通过直接分析推断
29360106 GOA
part of U2-type spliceosomal complex IDA
IDA: 通过直接分析推断
32494006 GOA
part of U2-type spliceosomal complex IPI
IPI: 通过物理相互作用推断
27720643 GOA
located in nucleus IDA
IDA: 通过直接分析推断
27720643 GOA
EXP:通过实验结果推断 IDA:通过直接分析推断 IPI:通过物理相互作用推断 IMP:通过突变表型推断 IGI:通过遗传相互作用推断 IEP:通过表达模式推断

PHF5A 蛋白结构

PHF5

PHF5: PHF5-like protein (1 - 104)

  • 0
  • 100
  • 110 a.a.
蛋白主名 其他名称

PHD finger-like domain-containing protein 5A

PHD finger-like domain protein 5A

PHF5A 蛋白互作信息

分类
蛋白名称 蛋白编号 互作蛋白 互作蛋白种属 互作蛋白编号 实验方法 参考文献
种属内
PHF5A Q7RTV0 KIF1B Homo sapiens O60333-2
Y2H Pooling
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 KIF1B Homo sapiens O60333-2
Validated Y2H
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 KIF1B Homo sapiens O60333-2
Y2H Array
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 DMWD Homo sapiens G5E9A7
Validated Y2H
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 DMWD Homo sapiens G5E9A7
Y2H Array
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 DMWD Homo sapiens G5E9A7
Y2H Pooling
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 SF3A2 Homo sapiens Q15428
Anti Tag CoIP
33961781
种属内
PHF5A Q7RTV0 SF3A2 Homo sapiens Q15428
TAP
24981860
种属内
PHF5A Q7RTV0 SPRED1 Homo sapiens Q7Z699
Y2H Pooling
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 SPRED1 Homo sapiens Q7Z699
Validated Y2H
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 SPRED1 Homo sapiens Q7Z699
Y2H Array
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 WFS1 Homo sapiens O76024
Y2H Array
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 WFS1 Homo sapiens O76024
Y2H Pooling
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 WFS1 Homo sapiens O76024
Validated Y2H
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 PRPS1 Homo sapiens P60891
Validated Y2H
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 PRPS1 Homo sapiens P60891
Y2H Pooling
32814053
种属内
PHF5A Q7RTV0 PRPS1 Homo sapiens P60891
Y2H Array
32814053
种属间: 跨种属相互作用 种属内: 同种属相互作用

关联疾病

疾病名称 别名
Epiphyseal Chondrodysplasia, Miura Type

ECDM

Tall Stature-Scoliosis-Macrodactyly Of The Great Toes Syndrome

Miura Type Epiphyseal Chondrodysplasia

Tall Stature-Scoliosis-Macrodactyly Of The Halluces Syndrome

Tall Stature-Long Halluces-Multiple Extra-Epiphyses Syndrome

Chondrodysplasia, Epiphyseal, Miura Type

疾病名称 别名
Waldenstroem'S Macroglobulinemia

Waldenstroem'S Macroglobulinemia

Waldenstroem'S Macroglobulinemia

Macroglobulinemia Of Waldenstrom

Lymphoplasmacytic Lymphoma With Igm Gammopathy

Lymphoplasmacytic Lymphoma

Waldenstroem'S Macroglobulinemia

Waldenstroem'S Macroglobulinemia

Macroglobulinemia Of Waldenstrom

Lymphoplasmacytic Lymphoma With Igm Gammopathy

Lymphoplasmacytic Lymphoma

直系同源

种属 基因名 来源 基因 ID
Mus musculus PHF5A MGD MGI:2156864
Bos taurus PHF5A VGNC VGNC:32826
Canis familiaris PHF5A VGNC VGNC:44491
Macaca mulatta PHF5A VGNC VGNC:107913
Felis catus PHF5A VGNC VGNC:64145
Rattus norvegicus PHF5A RGD RGD:621555