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SF3B3 - splicing factor 3b subunit 3 Gene

中文名称:剪接因子 3b 亚基 3

种属: Homo sapiens

同用名: RSE1; SAP130; SF3b130; STAF130

基因 ID: 23450 | 基因类型: protein coding

关于 SF3B3

Cytogenetic location: 16q22.1 Genomic coordinates (GRCh38): 16:70,523,816-70,577,668 (from NCBI)

This gene has 15 transcripts (splice variants), 209 orthologues and 2 paralogues. Ubiquitous expression in ovary (RPKM 13.7), lymph node (RPKM 13.6) and 25 other tissues.

功能概要

该基因编码剪接因子 3b 蛋白复合物的第 3 亚基。剪接因子 3b 与剪接因子 3a 和一个 12S RNA 单元一起形成 U2 小核糖核蛋白复合物 (U2 snRNP) 。剪接因子 3b/3a 复合物以序列独立的方式结合内含子分支位点上游的前体 mRNA,并可能将 U2 snRNP 锚定到前体 mRNA。剪接因子 3b 也是较小的 U12 型剪接体的一个组成部分。亚基 3 也被确定为 STAGA (SPT3-TAF (II) 31-GCN5L 乙酰化酶) 转录共激活因子-HAT (组蛋白乙酰转移酶) 复合物和 TFTC (无 TATA 结合蛋白的 TAF (II) -含复合物) 。这些复合物可能在染色质修饰、转录、剪接和 DNA 修复中起作用。[RefSeq 提供,2008 年 7 月]

This gene encodes subunit 3 of the splicing factor 3b protein complex. Splicing factor 3b, together with splicing factor 3a and a 12S RNA unit, forms the U2 small nuclear ribonucleoproteins complex (U2 snRNP). The splicing factor 3b/3a complex binds pre-mRNA upstream of the intron's branch site in a sequence independent manner and may anchor the U2 snRNP to the pre-mRNA. Splicing factor 3b is also a component of the minor U12-type spliceosome. Subunit 3 has also been identified as a component of the STAGA (SPT3-TAF(II)31-GCN5L acetylase) transcription coactivator-HAT (Histone Acetyltransferase) complex, and the TFTC (TATA-binding-protein-free TAF(II)-containing complex). These complexes may function in chromatin modification, transcription, splicing, and DNA repair. [provided by RefSeq, Jul 2008]

SF3B3 基因产物(1)

mRNA Protein Name
NM_012426.5 NP_036558.3 splicing factor 3B subunit 3
基因本体论
  • 分子功能
  • 生物过程
  • 细胞组分
分子功能 GO 注释 逻辑证据 参考文献 来源
enables protein binding IPI
IPI: 通过物理相互作用推断
17332742 GOA
enables protein-containing complex binding IPI
IPI: 通过物理相互作用推断
11564863 GOA
生物过程 GO 注释 逻辑证据 参考文献 来源
involved in mRNA splicing, via spliceosome IDA
IDA: 通过直接分析推断
27720643 GOA
involved in negative regulation of protein catabolic process IDA
IDA: 通过直接分析推断
23951410 GOA
细胞组分 GO 注释 逻辑证据 参考文献 来源
part of U12-type spliceosomal complex IDA
IDA: 通过直接分析推断
15146077 GOA
part of U2-type precatalytic spliceosome IDA
IDA: 通过直接分析推断
28781166 GOA
part of U2-type spliceosomal complex IDA
IDA: 通过直接分析推断
32494006 GOA
part of U2-type spliceosomal complex IPI
IPI: 通过物理相互作用推断
27720643 GOA
part of catalytic step 2 spliceosome IDA
IDA: 通过直接分析推断
11991638 GOA
located in nucleus IDA
IDA: 通过直接分析推断
27720643 GOA
EXP:通过实验结果推断 IDA:通过直接分析推断 IPI:通过物理相互作用推断 IMP:通过突变表型推断 IGI:通过遗传相互作用推断 IEP:通过表达模式推断

SF3B3 蛋白结构

MMS1_N

MMS1_N: Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term (76 - 592)

CPSF_A

CPSF_A: CPSF A subunit region (863 - 1183)

  • 0
  • 200
  • 400
  • 600
  • 800
  • 1000
  • 1217 a.a.
蛋白主名 其他名称

splicing factor 3B subunit 3

SAP 130

SF3B3 蛋白互作信息

分类
蛋白名称 蛋白编号 互作蛋白 互作蛋白种属 互作蛋白编号 实验方法 参考文献
种属内
SF3B3 Q15393 SF3A3 Homo sapiens Q12874
Anti Tag CoIP
35271311
种属内
SF3B3 Q15393 SF3A3 Homo sapiens Q12874
Crosslink
30021884
种属内
SF3B3 Q15393 SF3A2 Homo sapiens Q15428
Affinity Chrom
17332742
种属间: 跨种属相互作用 种属内: 同种属相互作用

直系同源

种属 基因名 来源 基因 ID
Macaca mulatta SF3B3 VGNC VGNC:77181
Bos taurus SF3B3 VGNC VGNC:34511
Felis catus SF3B3 VGNC VGNC:65057
Rattus norvegicus SF3B3 RGD RGD:1311636
Mus musculus SF3B3 MGD MGI:1289341
Canis familiaris SF3B3 VGNC VGNC:46071
Others SF3B3 NCBI