1. Gene
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SF3A3 - splicing factor 3a subunit 3 Gene

中文名称:剪接因子 3a 亚基 3

种属: Homo sapiens

同用名: PRP9; PRPF9; SAP61; SF3a60

基因 ID: 10946 | 基因类型: protein coding

关于 SF3A3

Cytogenetic location: 1p34.3 Genomic coordinates (GRCh38): 1:37,956,975-37,990,022 (from NCBI)

This gene has 8 transcripts (splice variants), 219 orthologues and 1 paralogue. Ubiquitous expression in bone marrow (RPKM 22.5), lymph node (RPKM 20.6) and 25 other tissues.

功能概要

该基因编码剪接因子 3a 蛋白复合物的第 3 亚基。剪接因子 3a 异源三聚体包括亚基 1、2 和 3,并且是将 15S U2 snRNP 体外转化为活性 17S 颗粒以执行 pre-mRNA 剪接所必需的。亚基 3 通过其氨基末端与亚基 1 相互作用,而亚基 3 的锌指结构域在其与 15S U2 snRNP 的结合中发挥作用。该基因在 20 号染色体上有一个假基因。可变剪接导致多个转录本变体。[RefSeq 提供,2016 年 3 月]

This gene encodes subunit 3 of the splicing factor 3a protein complex. The splicing factor 3a heterotrimer includes subunits 1, 2 and 3 and is necessary for the in vitro conversion of 15S U2 snRNP into an active 17S particle that performs pre-mRNA splicing. Subunit 3 interacts with subunit 1 through its amino-terminus while the zinc finger domain of subunit 3 plays a role in its binding to the 15S U2 snRNP. This gene has a pseudogene on chromosome 20. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Mar 2016]

SF3A3 基因产物(2)

mRNA Protein Name
NM_001320830.2 NP_001307759.1 splicing factor 3A subunit 3 isoform 2
NM_006802.4 NP_006793.1 splicing factor 3A subunit 3 isoform 1
基因本体论
  • 分子功能
  • 生物过程
  • 细胞组分
分子功能 GO 注释 逻辑证据 参考文献 来源
enables protein binding IPI
IPI: 通过物理相互作用推断
17098193 GOA
生物过程 GO 注释 逻辑证据 参考文献 来源
involved in U2-type prespliceosome assembly IDA
IDA: 通过直接分析推断
11533230 GOA
involved in mRNA processing IMP
IMP: 通过突变表型推断
15647371 GOA
involved in mRNA splicing, via spliceosome IDA
IDA: 通过直接分析推断
29360106 GOA
细胞组分 GO 注释 逻辑证据 参考文献 来源
part of U2 snRNP IDA
IDA: 通过直接分析推断
11533230 GOA
part of U2-type precatalytic spliceosome IDA
IDA: 通过直接分析推断
8022796 GOA
part of U2-type spliceosomal complex IDA
IDA: 通过直接分析推断
32494006 GOA
part of U2-type spliceosomal complex IPI
IPI: 通过物理相互作用推断
10882114 GOA
part of catalytic step 2 spliceosome IDA
IDA: 通过直接分析推断
11991638 GOA
located in nuclear speck IDA
IDA: 通过直接分析推断
8022796 GOA
located in nucleus IDA
IDA: 通过直接分析推断
21349847 GOA
part of spliceosomal complex IDA
IDA: 通过直接分析推断
9731529 GOA
EXP:通过实验结果推断 IDA:通过直接分析推断 IPI:通过物理相互作用推断 IMP:通过突变表型推断 IGI:通过遗传相互作用推断 IEP:通过表达模式推断

SF3A3 蛋白结构

SF3a60_bindingd

SF3a60_bindingd: Splicing factor SF3a60 binding domain (74 - 100)

Telomere_Sde2_2

Telomere_Sde2_2: Telomere stability C-terminal (244 - 303)

DUF3449

DUF3449: Domain of unknown function (DUF3449) (322 - 500)

  • 0
  • 100
  • 200
  • 300
  • 400
  • 501 a.a.
蛋白主名 其他名称

splicing factor 3A subunit 3

SAP 61

SF3A3 蛋白互作信息

分类
蛋白名称 蛋白编号 互作蛋白 互作蛋白种属 互作蛋白编号 实验方法 参考文献
Intra SF3A3 Q12874 SF3A1 Homo sapiens Q15459
Crosslink
30021884
Intra SF3A3 Q12874 SF3A1 Homo sapiens Q15459
NMR
17098193
Intra SF3A3 Q12874 SF3A1 Homo sapiens Q15459
Pull Down
17098193
Intra SF3A3 Q12874 SF3A1 Homo sapiens Q15459
Anti Tag CoIP
35271311
Intra SF3A3 Q12874 JPH3 Homo sapiens Q8WXH2
Y2H Pooling
32814053
Intra SF3A3 Q12874 JPH3 Homo sapiens Q8WXH2
Validated Y2H
32814053
Intra SF3A3 Q12874 JPH3 Homo sapiens Q8WXH2
Y2H Array
32814053
Intra SF3A3 Q12874 ZNF212 Homo sapiens Q9UDV6
Y2H Array
31515488
Intra SF3A3 Q12874 ZNF212 Homo sapiens Q9UDV6
Validated Y2H
25416956
Intra SF3A3 Q12874 SF3A2 Homo sapiens Q15428
Affinity Chrom
17332742
Intra SF3A3 Q12874 SF3B3 Homo sapiens Q15393
Anti Tag CoIP
35271311
Intra SF3A3 Q12874 TADA2A Homo sapiens O75478
Y2H Prey Pooling
25416956
Intra SF3A3 Q12874 TADA2A Homo sapiens O75478
Y2H Array
25416956
Intra SF3A3 Q12874 TRIM69 Homo sapiens Q86WT6
Y2H Prey Pooling
25416956
Intra SF3A3 Q12874 TRIM69 Homo sapiens Q86WT6
Y2H Array
25416956
种属间: 跨种属相互作用 种属内: 同种属相互作用

直系同源

种属 基因名 来源 基因 ID
Macaca mulatta SF3A3 VGNC VGNC:97824
Felis catus SF3A3 VGNC VGNC:65054
Mus musculus SF3A3 MGD MGI:1922312
Rattus norvegicus SF3A3 RGD RGD:1308726
Bos taurus SF3A3 VGNC VGNC:34508