1. Gene
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SF1 - splicing factor 1 Gene

中文名称:剪接因子 1

种属: Homo sapiens

同用名: BBP; MBBP; ZFM1; ZNF162; D11S636; ZCCHC25

基因 ID: 7536 | 基因类型: protein coding

关于 SF1

Cytogenetic location: 11q13.1 Genomic coordinates (GRCh38): 11:64,764,606-64,778,542 (from NCBI)

This gene has 21 transcripts (splice variants), 183 orthologues and 4 paralogues. Ubiquitous expression in bone marrow (RPKM 62.1), testis (RPKM 36.4) and 25 other tissues.

功能概要

该基因编码核前 mRNA 剪接因子。编码的蛋白质特异性识别 3' 剪接位点的内含子分支点序列,以及 U2 辅助因子 (U2AF) 的大亚基,并且是剪接体组装早期阶段所必需的。它还在核前体 mRNA 保留和转录抑制中发挥作用。编码的蛋白质包含一个 N 末端 U2AF 配体基序、一个中心 hnRNP K 同源基序和 quaking 2 区域,它结合分支点序列中的一个关键分支位点腺苷、一个锌关节结构域和一个 C 末端富含脯氨酸的结构域.可变剪接导致多个转录本变体。[RefSeq 提供,2016 年 10 月]

This gene encodes a nuclear pre-mRNA splicing factor. The encoded protein specifically recognizes the intron branch point sequence at the 3' splice site, together with the large subunit of U2 auxiliary factor (U2AF), and is required for the early stages of spliceosome assembly. It also plays a role in nuclear pre-mRNA retention and transcriptional repression. The encoded protein contains an N-terminal U2AF ligand motif, a central hnRNP K homology motif and quaking 2 region which bind a key branch-site adenosine within the branch point sequence, a zinc knuckles domain, and a C-terminal proline-rich domain. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2016]

SF1 基因产物(12)

mRNA Protein Name
NM_001178030.2 NP_001171501.1 splicing factor 1 isoform 6
NM_001178031.3 NP_001171502.1 splicing factor 1 isoform 5
NM_001346363.2 NP_001333292.1 splicing factor 1 isoform 9
NM_001346364.2 NP_001333293.1 splicing factor 1 isoform 10
NM_001346409.2 NP_001333338.1 splicing factor 1 isoform 7
NM_001346410.2 NP_001333339.1 splicing factor 1 isoform 8
NM_001378956.1 NP_001365885.1 splicing factor 1 isoform 11
NM_001378957.1 NP_001365886.1 splicing factor 1 isoform 12
NM_004630.4 NP_004621.2 splicing factor 1 isoform 1
NM_201995.3 NP_973724.1 splicing factor 1 isoform 2
NM_201997.3 NP_973726.2 splicing factor 1 isoform 4
NM_201998.3 NP_973727.1 splicing factor 1 isoform 3
基因本体论
  • 分子功能
  • 细胞组分
分子功能 GO 注释 逻辑证据 参考文献 来源
enables identical protein binding IPI
IPI: 通过物理相互作用推断
22365833 GOA
enables protein binding IPI
IPI: 通过物理相互作用推断
10449420 GOA
细胞组分 GO 注释 逻辑证据 参考文献 来源
part of U2AF complex IPI
IPI: 通过物理相互作用推断
23273425 GOA
part of spliceosomal complex IDA
IDA: 通过直接分析推断
9731529 GOA
part of spliceosomal complex IPI
IPI: 通过物理相互作用推断
23273425 GOA
EXP:通过实验结果推断 IDA:通过直接分析推断 IPI:通过物理相互作用推断 IMP:通过突变表型推断 IGI:通过遗传相互作用推断 IEP:通过表达模式推断

SF1 蛋白结构

KH_1

KH_1: KH domain (151 - 222)

zf-CCHC

zf-CCHC: Zinc knuckle (278 - 293)

  • 0
  • 100
  • 200
  • 300
  • 400
  • 500
  • 600
  • 639 a.a.
蛋白主名 其他名称

splicing factor 1

mammalian branch point-binding protein

SF1 蛋白互作信息

分类
蛋白名称 蛋白编号 互作蛋白 互作蛋白种属 互作蛋白编号 实验方法 参考文献
种属内
SF1 Q15637 HNRNPAB Homo sapiens Q99729
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 SF3A1 Homo sapiens Q15459
Anti Tag CoIP
26420826
种属内
SF1 Q15637 SF3A1 Homo sapiens Q15459
Anti Bait CoIP
26420826
种属内
SF1 Q15637 ABL2 Homo sapiens P42684
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属间
SF1 Q15637 Khdc4 Mus musculus Q3TCX3
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 UHMK1 Homo sapiens Q8TAS1
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 MKRN3 Homo sapiens Q13064
Y2H Array
25416956
种属间
SF1 Q15637 Cherp Mus musculus Q8CGZ0
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 SF3A2 Homo sapiens Q15428
Anti Bait CoIP
26420826
种属内
SF1 Q15637 CHERP Homo sapiens Q8IWX8
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 CHERP Homo sapiens Q8IWX8
Anti Bait CoIP
26420826
种属内
SF1 Q15637 CEP104 Homo sapiens O60308
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 HNRNPDL Homo sapiens O14979
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属间
SF1 Q15637 Kpna2 Mus musculus P52293
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 PSMA3 Homo sapiens P25788
Y2H Array
25416956
种属内
SF1 Q15637 PSMA3 Homo sapiens P25788
Validated Y2H
25416956
种属内
SF1 Q15637 KPNA2 Homo sapiens P52292
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 KPNA1 Homo sapiens P52294
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 KPNA6 Homo sapiens O60684
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 KRTAP26-1 Homo sapiens Q6PEX3
Y2H Prey Pooling
25416956
种属内
SF1 Q15637 KRTAP26-1 Homo sapiens Q6PEX3
Validated Y2H
25416956
种属内
SF1 Q15637 PRPF40A Homo sapiens O75400
Anti Bait CoIP
26420826
种属内
SF1 Q15637 CIAO1 Homo sapiens O76071
Y2H Array
25416956
种属内
SF1 Q15637 RBM17 Homo sapiens Q96I25
Y2H
22365833
种属内
SF1 Q15637 RBM17 Homo sapiens Q96I25
Anti Bait CoIP
26420826
种属内
SF1 Q15637 RBM17 Homo sapiens Q96I25
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
NMR
12718882
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
Anti Tag CoIP
26420826
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
Y2H Pooling
16189514
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
Pull Down
23273425
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
GMS
23273425
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
Y2H
22365833
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
Pull Down
12718882
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
ITC
23273425
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
Anti Bait CoIP
26420826
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
X-Ray Diffraction
23273425
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
DLS
23273425
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
NMR
23273425
种属内
SF1 Q15637 U2AF2 Homo sapiens P26368
SAXS
23273425
种属内
SF1 Q15637 DDX17 Homo sapiens Q92841
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 DDX17 Homo sapiens Q92841
Y2H
22365833
种属内
SF1 Q15637 DDX17 Homo sapiens Q92841
Y2H Pooling
16189514
种属内
SF1 Q15637 TRIM69 Homo sapiens Q86WT6
Y2H Array
25416956
种属内
SF1 Q15637 TRIM69 Homo sapiens Q86WT6
Y2H Prey Pooling
25416956
种属内
SF1 Q15637 TRIM69 Homo sapiens Q86WT6
Validated Y2H
25416956
种属内
SF1 Q15637 KHDC4 Homo sapiens Q7Z7F0
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属间
SF1 Q15637 Cltc Mus musculus Q68FD5
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 PRMT2 Homo sapiens P55345
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属内
SF1 Q15637 FAM168A Homo sapiens Q92567
Y2H Array
31515488
种属间
SF1 Q15637 U2af2 Mus musculus P26369
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属间
SF1 Q15637 Kpna4 Mus musculus O35343
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属间
SF1 Q15637 Sfswap Mus musculus Q3USH5
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属间
SF1 Q15637 Kpna1 Mus musculus Q60960
Y2H Fragment Pooling
26420826
种属间: 跨种属相互作用 种属内: 同种属相互作用

关联疾病

疾病名称 别名
Multiple Endocrine Neoplasia, Type I

Multiple Endocrine Neoplasia Type 1

MEN1

Wermer Syndrome

Multiple Endocrine Neoplasia 1

Multiple Endocrine Neoplasia, Type 1

Men I

Endocrine Adenomatosis, Multiple

Mea I

Men Type I

Wermer'S Syndrome

Men1 Syndrome

Multiple Endocrine Adenomatosis

Endocrine Adenomatosis Multiple

Men 1

Familial Multiple Endocrine Neoplasia Type I

Neoplasia, Endocrine, Multiple, Type 1

Multiple Endocrine Neoplasia

疾病名称 别名
Waldenstroem'S Macroglobulinemia

Waldenstroem'S Macroglobulinemia

Waldenstroem'S Macroglobulinemia

Macroglobulinemia Of Waldenstrom

Lymphoplasmacytic Lymphoma With Igm Gammopathy

Lymphoplasmacytic Lymphoma

Waldenstroem'S Macroglobulinemia

Waldenstroem'S Macroglobulinemia

Macroglobulinemia Of Waldenstrom

Lymphoplasmacytic Lymphoma With Igm Gammopathy

Lymphoplasmacytic Lymphoma

直系同源

种属 基因名 来源 基因 ID
Felis catus SF1 VGNC VGNC:65051
Macaca mulatta SF1 VGNC VGNC:77225
Canis familiaris SF1 VGNC VGNC:46066
Mus musculus SF1 MGD MGI:1095403
Rattus norvegicus SF1 RGD RGD:620645
Bos taurus SF1 VGNC VGNC:34505
Macaca fascicularis SF1 NCBI NCBI:102136762
Susscrofa domestica SF1 NCBI
Leporidae SF1 NCBI
Others SF1 NCBI